第 3 季的故事背景设定在上世纪 90 年代，毒品生意的全球化被点燃之际，探讨了费利斯被捕后爆发的战争。当新独立的贩毒集团在政治动荡和不断升级的暴力中挣扎求生时，新一代墨西哥毒枭横空问世。但在这场战争中，真相总是无迹可寻，而每一次逮捕、谋杀和劫掠都只会让真正的胜利离我们越来越远…阿马多乘坐的载有可卡因的飞机在沙漠中坠毁，被墨西哥军队抓获。沃尔特在埃尔帕索从事卧底工作，并与他的 AA 赞助商合作，以找到走私者的工作。阿马多在入狱三个月后被释放，他回到锡那罗亚州的家中，发现女儿已经去世，这反过来让他重新思考自己的生活。卡洛斯·汉克·冈萨雷斯向阿马多提出了购买华雷斯土地的要约，以改善他的企业控股和地位，为北美自由贸易协定做准备。阿马多在处决阿吉拉尔后接受了这一提议，因为他认为阿吉拉尔的经营方式风险太大。沃尔特（Walt）与他的赞助商烧毁了他的卧底身份，试图向上爬以捕获更大的鱼。华雷斯警官维克多正在寻找失踪的女孩。蒂华纳记者安德里亚对埃内迪娜·阿雷利亚诺和著名律师克劳迪奥之间的婚礼感兴趣，因为她怀疑腐败。这次招待会就像是不同走私者之间的某种会议，他们之间的紧张关系导致了一些丑陋。安德里亚闯入了婚礼余兴派对，并对青少年客人产生了兴趣，尤其是拉蒙朋友的法官的儿子。沃尔特（Walt）试图通过卧底行动和他的 AA 赞助商抓捕走私犯，但最终以惨败告终，他考虑搬到芝加哥。据透露，阿马多是在埃尔帕索领先沃尔特一步的人。阿雷拉诺人通过征税和拒绝与锡那罗人接壤，试图将锡那罗人挤出贸易。安德里亚继续调查毒枭（有钱的私立学校孩子，他们扮演黑帮角色，听从阿雷拉诺家族的命令，包括谋杀），并向《La Voz》的编辑提议，毒品资金正在资助蒂华纳的发展。阿马多在他的兄弟/执法者的帮助下，致力于将他的卡特尔转变为一个细胞系统，帮助摆脱阿吉拉尔混乱的剩余部分，并要求卡利一些时间来让这一切顺利进行。沃尔特开始扮演华雷斯警官维克多的CI，他最初拒绝，但当他在巡查警察时发现更多死去的女孩时，他开始重新考虑。矮子无视所有人的建议，低调行事，等待一场大灾难引起阿雷利亚诺菲利克斯组织（AFO / 蒂华纳卡特尔）的注意，并计划飞往华雷斯寻找阿马多。弟弟拉蒙执行了一项杀死“矮子”的任务，这在瓜达拉哈拉机场引发了大规模的交火和血战，导致领导墨西哥罗马天主教会的红衣主教死亡。与此同时，阿马多已经开始履行菲利克斯在监狱采访中向沃尔特概述的命运……将棋子移到适当的位置，变得比游戏中的其他人都更强大。阿马多在古巴与卡利达成一项协议，因为可卡因是巴勃罗·埃斯科瓦尔被哥伦比亚特种部队杀害后生产的主要可卡因。阿马多改进的组织利用无线寻呼机等技术来传递指令，这抵制了美国的调查。阿马多还联系汉克建立合作伙伴关系，以转移可卡因和洗钱。安德里亚继续追查她的故事，并通过蒂华纳的一家赌场将汉克与 AFO 的洗钱活动联系起来。维克多认为他可能正在调查一名年轻女孩的连环杀手。红衣主教之死对墨西哥政府的形象影响不大。墨西哥正在为北美自由贸易协定做准备，这促使墨西哥军队组建一支由雷波洛将军领导的特遣部队，而雷波洛将军以烧毁数百万现金和毒品而闻名。沃尔特要求调去墨西哥几个月加入特别工作组，这让迪娜很失望。特遣队差点抓住本杰明·阿雷拉诺·菲利克斯，但因拉蒙领导的暴力营救而受阻。本杰明逃离蒂华纳并让埃内迪娜负责。维克多开始调查汽车零部件工厂，寻找连环杀手袭击年轻女孩的潜在线索。矮子被危地马拉边境巡逻人员出卖，他收买了墨西哥政府提供的 1500 万比索赎金。维克多终于找到了他正在寻找的少女的尸体。验尸官无法帮助 Victor 进行调查，因此 Victor 给 DEA 打电话，试图用信息换取 DNA 检测方面的帮助。一名缉毒少年在运回墨西哥的途中被捕，他的手套箱里藏有 1.4 万美元现金和 9 毫米口径的可卡因。沃尔特利用麻醉少年作为金丝雀找到了一个安全屋，在那里他们能够逮捕弗朗西斯科·阿雷雷诺·菲利克斯，而拉蒙在交火中勉强逃脱。缉毒少年意识到他应对这次袭击负责，拉蒙利用缉毒少年为军队特遣队提供设置并执行报复攻击。卡利贩毒集团被关闭，阿马多从北部山谷获得了新的可卡因供应。Enedina 是 AFO 的新任老板，他猛烈抨击 Mayo（烧船），