CBS All Access宣布续订《星际迷航：皮卡德》第二季。退休海军上将让-吕克·皮卡德拒绝了他的女管家拉里斯的浪漫追求，此时距离她的伴侣扎班去世一年半。在担任星际舰队学院院长的皮卡德向新一届学员（包括他的前选区埃尔诺）发表演讲后，皮卡德拜访了他的老朋友兼调酒师吉南，谈论了他一生回避恋爱关系的经历。在深空，观星者号航空母舰的克里斯·里奥斯船长和艾格尼丝·尤拉蒂博士调查了一个异常现象，该异常现象广播了与皮卡德谈判加入联邦的请求。驾驶里奥斯旧船“拉塞雷娜”号的治安维持者“九之七”也加入了他们的行列以及一支星舰舰队，其中包括埃克塞尔西奥号（USS Excelsior），船上有埃尔诺和皮卡德的老大副拉菲·穆西克（Raffi Musiker）。当皮卡德到达时，一艘博格飞船从异常区域中出现，并将他们的女王运送到观星者号上。女王开始同化整个舰队，促使皮卡德启动观星者号的自毁。爆炸后，皮卡德在他家的一个版本中醒来，并受到超维度生物Q的欢迎，Q 再次回来测试皮卡德。皮卡德从 Q 处得知，他和他的同伴正处于另一个时间线，人类已经形成了仇外心理“地球联邦”，有系统地消灭或奴役外星种族。皮卡德是联邦最伟大的军事指挥官，他被联邦总统、治安法官的妻子九之七授予了处决最后一位博格女王的荣誉。一行人重聚，并从博格女王那里得知，他们可以通过在 2024 年前往洛杉矶来阻止联邦的成立，而这只有在女王的帮助下才能做到。艾格尼丝、拉菲和埃尔诺控制了联邦总部的通讯和运输系统，而七号和皮卡德则在公开处决中争取时间。当人群和治安法官越来越担心他们的拖延时，其他人完成了他们的目标，皮卡德、七号、艾格尼丝、拉菲、埃尔诺和女王被传送到里奥斯的船上。七号分散了治安法官的注意力，足以让这群人制服并杀死他和他的军官。船受到攻击，女王趁机直接连接到船上的计算机。她摧毁了他们的追捕者，并用弹弓围绕太阳发射飞船，创造了一个到 2024 年的虫洞。她告诉皮卡德，他们必须在洛杉矶找到“观察者”，他知道 Q 改变了什么导致了新的时间线。船在法国皮卡德城堡附近坠毁，女王转移所有力量来维持自己的生计。埃尔诺因伤去世，拉菲愤怒地指责皮卡德，然后与七号和里奥斯一起出发寻找守望者。里奥斯的运输机出现故障，他昏倒了，醒来时发现自己身处一家秘密治疗无证移民的诊所。在他离开之前，移民官员突袭了诊所并逮捕了里奥斯和他的医生特蕾莎。里奥斯的通讯器被落在了后面。尽管皮卡德发出警告，艾格尼丝还是将她的思想与女王联系起来，并在她被同化之前了解了观察者的确切位置，给女王留下了深刻的印象。皮卡德和艾格尼丝从艾格尼丝与女王的联系中得知，他们必须阻止时间线的改变，以避免联邦的黑暗未来，这将在三天后的 2024 年 4 月 15 日发生。皮卡德传送到艾格尼丝从女王那里得知的地点奎南，并找到了年轻版的吉南，他不认识他，并在对人类的幻想破灭后计划离开地球。七号和拉菲寻找里奥斯，他被ICE处理并送往美国边境的避难区。在艾格尼丝的帮助下，他们能够追踪里奥斯乘坐的巴士，艾格尼丝欺骗女王改善拉西雷纳的巴士运输系统。皮卡德透露了自己的名字并解释说他正在寻找一名观察者后，吉南带领他找到了一个也被称为“监督者”的人，该人充当地球上某个人的“守护天使”。主管与拉里斯相似，但看起来是人类，他和皮卡德一起传送走了。与此同时，Q 走近一位正在执行计划中的欧罗巴太空飞行任务的女士。他惊讶地发现自己无法改变她的命运。主管自我介绍为塔林，并向皮卡德解释说，她的任务是保护他的祖先蕾妮·皮卡德，也就是 Q 之前瞄准的女人，因为蕾妮在未来扮演着重要的角色。Q 找到了 Adam Soong 博士，他是一位名誉扫地的遗传学家，迫切希望找到治疗女儿 Kore 绝症遗传病的方法。为了换取一瓶可以挽救科雷生命的药物，Q 请求宋帮忙对付蕾妮。七号和拉菲将里奥斯从 ICE 的羁押中解救出来。回到拉塞雷纳，女王利用船上的通讯广播紧急呼叫并引诱警察上船。艾格尼丝射杀了女王，以阻止她同化警察，但垂死的女王给艾格尼丝注射了博格纳米探针。皮卡德知道蕾妮注定要在木星的卫星木卫一上找到有知觉的生物体，因此她不能退出欧罗巴任务，这一点至关重要。为了在飞行前的盛会上监视她，艾格尼丝潜入活动并侵入系统，以便他们都能参加，但博格女王的意识却潜伏在她的脑海中。在女王的帮助下，艾格尼丝允许皮卡德、塔林和里奥斯参加晚会。在那里，皮卡德遇到了宋，宋提醒保安皮卡德很危险。艾格尼丝和女王关掉灯光，唱一首爵士乐翻唱的《暗夜之影》来分散注意力。由此产生的内啡肽激增让女王可以完全控制艾格尼丝的身体。Q 扮演了蕾妮的治疗师，通过短信激起了她的不安全感，她开始逃离聚会。皮卡德找到了她，并通过谈论他的母亲说服她完成任务，她也喜欢星星，但也有心理健康问题。宋看到蕾妮和皮卡德一起在外面走，并试图开着车碾压蕾妮。皮卡德将她推开，但被车撞倒并昏迷不醒。回到家后，宋疯狂地对科雷咆哮；她调查了他的研究，发现她是他创造的许多明显克隆人中唯一幸存的人。在特蕾莎的诊所，塔林决定进入皮卡德的大脑，帮助他从他的大脑所执着的记忆中醒来。在皮卡德的脑海里，他重温了童年时期的部分记忆，当时他明显虐待的父亲莫里斯在房子里追赶皮卡德年轻的自己和他的母亲伊薇特。塔林帮助皮卡德意识到他的母亲实际上正在与精神疾病作斗争，而莫里斯只是想保护她和皮卡德。皮卡德从昏迷中醒来，塔林透露她实际上是罗慕兰，也可能是拉里斯的祖先。皮卡德推测 Q 在他的“审判”中可能有个人利害关系，并要求吉南使用 El-Aurian 仪式召唤 Q；当联邦调查局特工马丁·威尔斯进入酒吧并根据皮卡德使用运输车的监控录像逮捕他们时，仪式失败了。里奥斯秘密带特蕾莎和她的儿子来到拉塞雷纳，承认自己是一个时间旅行者。拉菲和七号发现船上的计算机已被博格加密代码破坏，并开始追踪艾格尼丝。他们找到了一家酒吧，她在那里打碎了一扇窗户，并意识到女王正试图在艾格尼丝身上产生更多的内啡肽，直到她有足够的力量来同化更多的人并成为新的博格女王。威尔斯试图让皮卡德和吉南承认自己是外星人。他将他们分开，Q 拜访了 Guinan，他解释说他快要死了，“审判”是赋予他自己生命意义的最后一次尝试。他指出，所有人类都被困在过去，吉南使用星体投影与皮卡德分享这一信息。威尔斯透露，他小时候遇到过外星人，并认为他们想杀了他，但皮卡德解释说，这些人是瓦肯人他只是试图抹去他的记忆。联邦调查局因进行非法调查而解雇威尔斯后，他被迫释放皮卡德和吉南。与此同时，拉菲和七号发现女王正在收集汽车和手机电池，以改造茹拉蒂的身体并使其能够同化。她攻击了他们，但艾格尼丝迫使她停下来并离开。在了解了她的真实本性后，科雷在 Q 的帮助下离开了她的父亲。女王说服宋，他可以通过帮助她窃取拉塞雷娜来拯救他的遗产，从而使她能够征服银河系。宋为她提供了一队雇佣兵，将其改装成博格无人机。女王、宋楚瑜和无人机向拉塞雷纳发射信号而皮卡德、塔林、拉菲和七号则传送至皮卡德城堡。艾格尼丝的意识阻止了女王与飞船系统的接触，直到七号和拉菲到达。他们试图利用这艘船对抗女王，但她对七号造成了致命伤。将里奥斯、特蕾莎和她的儿子送往安全地带后，皮卡德和塔林在城堡下方的隧道中逃离了宋和无人机的追捕。皮卡德回忆说，当他还是个孩子的时候，他的母亲在隧道里玩捉迷藏时精神崩溃，之后她结束了自己的生命。与塔林讨论这个问题有助于皮卡德接受它。宋将他们逼入绝境，但里奥斯回以微笑并迫使他逃跑。艾格尼丝说服女王改变自己的方式，通过合作而不是同化来建立一个新的博格集体，真正成为新的博格女王。三角洲象限的拉塞雷娜，给皮卡德留下了一条信息：蕾妮必须有两个版本，一个将执行欧罗巴任务，另一个将死去。尽管皮卡德提出抗议，塔林仍将女王的信息解读为她需要牺牲自己来拯救蕾妮。她使用全息伪装阻止了宋企图谋杀蕾妮，并在蕾妮出发执行欧罗巴任务时死在皮卡德的怀里。失败后，宋回到家，发现科雷已经删除了他的数字文件，尽管他仍然有一个标有“可汗计划”的物理文件。科雷被韦斯利·克鲁舍招募加入旅行者，里奥斯决定和特蕾莎一起留在过去。Q和皮卡德讨论审判的目的：Q希望皮卡德学会放下过去并接受爱。然后 Q 使用最后的力量将皮卡德、七号和拉菲送回观星者号在他们自己的时间线上，埃尔诺还活着。皮卡德认识到这位博格女王就是艾格尼丝，她的集体发现了一个新的跨曲速管道，他们愿意作为联邦临时成员进行监控。与年长的桂南重聚并了解了里奥斯在 21 世纪的生活后，皮卡德回到了他的城堡，请求拉里斯再给一次在一起的机会。