特别探员Fox Mulder在牛津大学修完心理学后，被调查局雇用，事业正一帆风顺时，他却突然将全部精力转向了超自然事件。在一次催眠中，他回忆到自己失踪多年的妹妹Samantha在他们还是孩童的时候被一种未知的力量带走，自此，他对于X档案中所隐藏真相的追寻着了迷，开始了全身心的调查工作。Mulder在医院被Fowley监管着。他想办法请来了Skinner和Kritschgau来帮忙，他们了解到Mulder拥有了CIA一直在研究的读心术。Scully在象牙海岸寻找治愈Mulder的办法。Mulder的病情加重了。特别探员Fox Mulder在牛津大学修完心理学后，被调查局雇用，事业正一帆风顺时，他却突然将全部精力转向了超自然事件。在一次催眠中，他回忆到自己失踪多年的妹妹Samantha在他们还是孩童的时候被一种未知的力量带走，自此，他对于X档案中所隐藏真相的追寻着了迷，开始了全身心的调查工作。 　 　特别探员Dana Scully不但是一个具备专业技能医学博士，还是一个认为在每一个X-File案件背后，都会有一个合理的科学解释的坚定理性主义者。然而在X-Files工作的过程中，她看到了许多无论科学或是逻辑都解释不通的事情，她的信仰受到了考验，她渐渐开始相信外星生命的存在 [2]  。《X档案》第七季于1999年11月7日在美国首播，这是这部备受好评的科幻电视剧的第七个季度。大卫·杜楚尼和吉莲·安德森继续在剧中饰演FBI特工穆德和斯卡利，这对调查超自然现象的搭档在这一季中再次展开了一系列惊险刺激的事件。米彻·佩勒吉，米密·罗杰斯和迈克尔·英塞恩也继续在本季中出现。本季包含22集，其中一些是经典的剧情，包括穆德的姐姐被绑架、奇怪的肉食生物和暴力事件的调查。还有一些集是独立的，以不同的形式和主题进行探索，包括穆德和斯卡利身陷宇航员密室、一名男子能够以自己的思维控制机器等等。